John Lundgren är född och uppvuxen i Sverige. Medan han fortfarande gick på Operahögskolan i Köpenhamn kom han med i solistensemblen på Det Kongelige Teater i Köpenhamn. Han debuterade som Schaunard i La bohème. Sedan dess har han gjort ett flertal dramatiska barytonroller på sin tidigare ”hemmascen” i Köpenhamn inklusive Amonasro tillsammans med Roberto Alagna i den prestigefyllda öppningen av Aida på det nya operahuset i Köpenhamn.
Han har gjort gästspel på operahusen i London, Berlin, München, Stockholm, Zürich, Genève, Dresden, Hamburg, Leipzig, Amsterdam, Göteborg, Oslo, Århus, Peking och Tokyo, samt festspelen i Bregenz och Bayreuth.
Hans repertoar omfattar roller som Jochanaan (Salome), Scarpia (Tosca), Don Pizarro (Fidelio), Tomsky (Spader dam), Alberich och Wotan (Nibelungens ring), Kurwenal (Tristan och Isolde), Telramund (Lohengrin), Amfortas (Parsifal), Barak (Die Frau ohne Schatten) och titelrollerna i Den flygande holländaren, Riddar Blåskäggs borg och Nabucco.
På Kungliga Operan har han sjungit roller som Jack Rance i Flickan från Västern (mot Nina Stemme), Wotan/Vandraren (Nibelungens ring) och Scarpia (Tosca). Sommaren 2016 sjöng han Wotan i Bayreuth, den första svenska Wotan i Bayreuth på 65 år.
2006 mottog John Lundgren det prestigefyllda Birgit Nilsson-stipendiet. År 2010 hedrades han med ridder af Dannebrogordenen av H.M. Drottningen av Danmark och 2021 utnämndes John Lundgren till hovsångare av H.M. den svenske kungen.